OpenPandemics
Обновление проекта OPN1
Мэтт из проекта OPN1 представляет обновленную информацию о лабораторных работах, выполняемых во время простоя WCG.
Опубликовано: 24 июня 2022 г.
Привет всем, это Мэтт с новостями от научной стороны OPN1. Во-первых, я хотел поблагодарить всех добровольцев от имени всей лаборатории. С учетом того количества вычислительного времени, которое вы все пожертвовали нашему проекту, мы были невероятно заняты во время простоя WCG, чтобы проверить множество сгенерированных гипотез. Хотя я бы хотел, чтобы время простоя WCG было временем отпуска для всех нас в лаборатории, на самом деле это был критический момент, когда мы пытаемся работать со всеми моделями, которые вы все создали, и готовимся к повторному открытию потока данных, который является ВКГ. В то время как время вычислений быстрое (каждому из вас требуется менее секунды для вычислительной оценки отдельной молекулы), лабораторная работа выполняется значительно медленнее.
Поскольку сетка отключена, мы сосредоточились на анализе и выявили ряд соединений с хорошими профилями активности. Но подтверждение этой активности и проверка способа действия требуют времени, и это повторяющийся процесс; иногда вы обнаруживаете, что условия влажных лабораторий (как мы называем биологические лаборатории), в которых вы работали, просто не отвечают на вопросы, которые вы задавали.
Но мы сужаем список типов данных, которые нам понадобятся, чтобы с уверенностью предоставить вам и более широкому научному сообществу более подробную информацию. Подготовка означает не только экспериментальную работу с данными, которые вы нам уже предоставили, но и определение новых целей и новых сотрудников для следующего раунда. Мы были рады узнать, что Enamine вновь открывает свои службы синтеза после того, как война в Украине была прервана, и у нас есть большое количество сотрудников, готовых проверить любые новые гипотезы, которые мы выдвигаем.
Следующий набор пакетов, который вы все скоро получите, будет посвящен исследованию новых уголков химического космоса против новых вирусных целей, и мы надеемся, что все, что мы узнали из первого раунда, послужит основой для еще более продуктивного второго раунда. Все это говорит о том, что, хотя мы знаем, что добровольцы жаждут снова начать работу, с точки зрения науки это очень своевременно, и мы рады получить следующую волну данных, которые вы нам пришлете.
Недавно на официальном форуме писали:
Команда OPN1 подготовила на своем сервере около 800 пакетов рабочих модулей и готовится поделиться ими с нами. Пока нет ожидаемого времени их прибытия, мы сделаем еще одно объявление, когда они будут отправлены. Команда поделилась с нами этим:
«Рабочие единицы, которые в настоящее время находятся в стадии подготовки, нацелены на три белка SARS-CoV-2: PLpro, NSP1 и геликазу. Мы занимаемся этими белками в рамках Центра противовирусных препаратов и готовности к пандемии (CAMPP), более крупного проекта под руководством Скриппса по разработке лекарств против вирусов с пандемическим потенциалом*.
Для PLpro продолжается анализ предыдущих единиц работы. Будущие рабочие единицы, вероятно, будут распространяться на другие вирусы. Рабочие единицы будут включать молекулы от нескольких разных поставщиков, особенно Enamine, с которым мы продолжаем наше успешное сотрудничество».
Спасибо команде OPN1 за предоставление нам этого обновления. Если у вас есть какие-либо комментарии или вопросы, пожалуйста, оставьте их в этой теме, чтобы мы ответили. Спасибо за Вашу поддержку.
Со вчерашнего вечера начали приходить новые задания.
Обновление исследования от команды OPN (февраль 2024 г.)
- ДНК-полимераза: фермент, состоящий из нескольких субъединиц, который строит ДНК путем сборки нуклеотидов.
Фон
Ученые из Scripps Research проводят молекулярное моделирование, чтобы найти возможных кандидатов для разработки методов лечения вирусов, включая COVID-19. Это исследование требует огромных вычислительных мощностей для проведения миллионов смоделированных лабораторных экспериментов. Молекулы, идентифицированные как многообещающие кандидаты, затем проверяются в лабораториях сотрудниками команды OPN.
Обновление рабочего подразделения
Новые исследовательские подразделения нацелены на ДНК-полимеразу цитомегаловируса, распространенного вируса, который особенно вреден для беременных или людей с ослабленным иммунитетом. Цель состоит в том, чтобы идентифицировать малые молекулы, связывающиеся с одной из субъединиц полимеразы, предотвращая ее взаимодействие с другой субъединицей полимеразы и тем самым нарушая сборку функциональной полимеразы. Около 40 миллионов молекул энамина будут смоделированы для выявления кандидатов для покупки и оценки нашими сотрудниками.
Рисунок 1. Цитомегаловирусная инфекция пневмоцитов (автор изображения: доктор Йель Розен, США. Изображение доступно по лицензии Creative Commons Attribution-Share Alike 2.0 Generic License )
Источник: https://www.worldcommunitygrid.org/about_us/article.s?articleId=806
Сегодня целый день прилетают задания для GPU. На форуме было заявлено, что заданий для CPU данного подпроекта больше не будет.