проект Folding@home

#1 · 20.11.2019, 21:44

Цитата: Vladimir Duce HK от 20.11.2019, 21:44
Folding@home (F@H, FAH) — это проект распределённых вычислений, который изучает поведение белков (сворачивание и агрегацию молекул). F@H разработан и запущен 1 октября 2000 года учёными из "Pande laboratory" (факультеты химии, структурной биологии и Медицинский центр Стэнфордского университета). Непосредственным руководителем лаборатории является профессор Виджей Панде (Vijay Pande). Для своего времени Folding@home стал революционным в области использования для распределённых вычислений и научных исследований вычислительной мощности видеоускорителей (GPU), игровых консолей PlayStation 3 и программного интерфейса MPI, используемого для вычислений на многоядерных процессорах.

Цели и научные достижения.
Цель проекта Folding@home — с помощью компьютерного моделирования процессов свёртывания/развёртывания молекул белка получить лучшее понимание причин возникновения болезней, вызываемых дефектными белками, таких как:

Болезнь Альцгеймера

Болезнь Паркинсона

Болезнь Хантингтона

Несовершенный остеогенез

Болезнь Кройтцфельдта — Якоба (коровье бешенство)

Загрузить клиент под Windows, Linux и другие платформы

Folding@home (F@H, FAH) — это проект распределённых вычислений, который изучает поведение белков (сворачивание и агрегацию молекул). F@H разработан и запущен 1 октября 2000 года учёными из "Pande laboratory" (факультеты химии, структурной биологии и Медицинский центр Стэнфордского университета). Непосредственным руководителем лаборатории является профессор Виджей Панде (Vijay Pande). Для своего времени Folding@home стал революционным в области использования для распределённых вычислений и научных исследований вычислительной мощности видеоускорителей (GPU), игровых консолей PlayStation 3 и программного интерфейса MPI, используемого для вычислений на многоядерных процессорах.

Цели и научные достижения.
Цель проекта Folding@home — с помощью компьютерного моделирования процессов свёртывания/развёртывания молекул белка получить лучшее понимание причин возникновения болезней, вызываемых дефектными белками, таких как:

Болезнь Альцгеймера

Болезнь Паркинсона

Болезнь Хантингтона

Несовершенный остеогенез

Болезнь Кройтцфельдта — Якоба (коровье бешенство)

Загрузить клиент под Windows, Linux и другие платформы

#2 · 20.11.2019, 22:52

Дезинформация

Folding@Home - не boinc-проект

Vladimir Duce HK отреагировал на эту запись.

#3 · 22.11.2019, 11:40

citerra,

извиняюсь, подходящего раздела не нашел. Он был на старом форуме. в курилку не хочется как-то, не курю=)

#4 · 22.11.2019, 13:48

Можно еше завести подраздел в BOINC-проекты распределенных вычислений

или в "Форум BOINC.RU" раздел не-BOINC-проекты распределенных вычислений

Там будут 2-3 проекта : Folding, GIMPS

#5 · 22.11.2019, 16:21

Цитата: citerra от 22.11.2019, 13:48

Можно еше завести подраздел в BOINC-проекты распределенных вычислений

или в "Форум BOINC.RU" раздел не-BOINC-проекты распределенных вычислений

Там будут 2-3 проекта : Folding, GIMPS

Сделаем. Там может быть и больше проектов, помните про "нерасчетные" проекты? Фотографии сравнивать и пр. Белки крутить вручную. Тоже распределенные проекты, но не вычислений.

#6 · 11.03.2020, 21:59

Цитата: ale4316 от 11.03.2020, 21:59
Компания Folding@home объединяет исследователей по всему миру, которые работают над тем, чтобы лучше изучить коронавирус 2019-nCoV и ускорить научные усилия по разработке новых методов спасения людей. Установив предлагаемое программное обеспечение, каждый человек может пожертвовать неиспользованные вычислительные ресурсы своего компьютера консорциуму Folding@home, исследователи которого работают над улучшением понимания структур потенциальных мишеней для лекарств против 2019-nCoV, и помочь в разработке новых методов лечения.

Данные, которые пользователи таким образом помогут генерировать, будут быстро и открыто распространяться в рамках открытого научного сотрудничества нескольких лабораторий по всему миру, предоставляя исследователям новые инструменты для разработки жизненно важных лекарств.

2019-nCoV является близким родственником коронавируса SARS (SARS-CoV) и действует аналогичным образом. Для обоих коронавирусов первый этап заражения происходит в легких, когда белок на поверхности вируса связывается с белком-рецептором на клетке легкого. Этот вирусный белок называется шипом (отмечен красным цветом на изображении ниже), а рецептор – ангиотензинпревращающий фермент 2 (ACE2).

Иллюстрация, созданная Центрами по контролю и профилактике заболеваний США (CDC), показывает ультраструктурную морфологию коронавируса. Обратите внимание на шипы, расположенные на внешней поверхности вируса, которые придают ей вид короны, окружающей вирион.

Терапевтическое антитело представляет собой белок, который может блокировать связывание вирусного белка с рецептором и предотвратить заражение вирусом клетки легкого. Терапевтическое антитело уже было разработано для SARS-CoV, но для создания терапевтических антител или малых молекул против 2019-nCoV ученые должны лучше понять структуру белка вирусного шипа и механизм его связывания с рецептором ACE2, необходимым для проникновения вируса в клетки человека.

Белки все время движутся – они раскачиваются, складываются и разворачиваются, принимая различные формы. Поэтому необходимо изучить не одну форму вирусного шипа, а все возможные варианты с учетом колебания белка и складывания в альтернативные формы. Это позволит лучше понять, как шип взаимодействует с рецептором ACE2, и подобрать терапевтическое антитело. Уже существуют структуры вирусного шипа SARS-CoV, но они с низким разрешением, а формы шипа различаются у SARS-CoV и 2019-nCoV. У нас есть возможность оказать помощь в моделировании структуры белка-шипа 2019-nCoV и идентифицировать участки, на которые может быть нацелено терапевтическое антитело. Для этого нужно построить математические модели, но они требуют достаточной вычислительной мощности.

Каждый желающий может поучаствовать в работе, установив программу Folding@home и выбрав вкладку «Any Disease». Один белок 2019-nCoV, протеаза, кодируемая вирусной РНК, уже кристаллизован. И хотя интересующий белок-шип 2019-nCoV еще не расшифрован, можно использовать гомологичную структуру шипа SARS-CoV для идентификации мишеней терапевтических антител.

Аминат Аджиева, портал «Вечная молодость»http://vechnayamolodost.ru по материалам FOLDING@HOME: FOLDING@HOME Takes Up The Fight Againist COVID-19/2019-NCOV.

Компания Folding@home объединяет исследователей по всему миру, которые работают над тем, чтобы лучше изучить коронавирус 2019-nCoV и ускорить научные усилия по разработке новых методов спасения людей. Установив предлагаемое программное обеспечение, каждый человек может пожертвовать неиспользованные вычислительные ресурсы своего компьютера консорциуму Folding@home, исследователи которого работают над улучшением понимания структур потенциальных мишеней для лекарств против 2019-nCoV, и помочь в разработке новых методов лечения.

Данные, которые пользователи таким образом помогут генерировать, будут быстро и открыто распространяться в рамках открытого научного сотрудничества нескольких лабораторий по всему миру, предоставляя исследователям новые инструменты для разработки жизненно важных лекарств.

2019-nCoV является близким родственником коронавируса SARS (SARS-CoV) и действует аналогичным образом. Для обоих коронавирусов первый этап заражения происходит в легких, когда белок на поверхности вируса связывается с белком-рецептором на клетке легкого. Этот вирусный белок называется шипом (отмечен красным цветом на изображении ниже), а рецептор – ангиотензинпревращающий фермент 2 (ACE2).

Иллюстрация, созданная Центрами по контролю и профилактике заболеваний США (CDC), показывает ультраструктурную морфологию коронавируса. Обратите внимание на шипы, расположенные на внешней поверхности вируса, которые придают ей вид короны, окружающей вирион.

Терапевтическое антитело представляет собой белок, который может блокировать связывание вирусного белка с рецептором и предотвратить заражение вирусом клетки легкого. Терапевтическое антитело уже было разработано для SARS-CoV, но для создания терапевтических антител или малых молекул против 2019-nCoV ученые должны лучше понять структуру белка вирусного шипа и механизм его связывания с рецептором ACE2, необходимым для проникновения вируса в клетки человека.

Белки все время движутся – они раскачиваются, складываются и разворачиваются, принимая различные формы. Поэтому необходимо изучить не одну форму вирусного шипа, а все возможные варианты с учетом колебания белка и складывания в альтернативные формы. Это позволит лучше понять, как шип взаимодействует с рецептором ACE2, и подобрать терапевтическое антитело. Уже существуют структуры вирусного шипа SARS-CoV, но они с низким разрешением, а формы шипа различаются у SARS-CoV и 2019-nCoV. У нас есть возможность оказать помощь в моделировании структуры белка-шипа 2019-nCoV и идентифицировать участки, на которые может быть нацелено терапевтическое антитело. Для этого нужно построить математические модели, но они требуют достаточной вычислительной мощности.

Каждый желающий может поучаствовать в работе, установив программу Folding@home и выбрав вкладку «Any Disease». Один белок 2019-nCoV, протеаза, кодируемая вирусной РНК, уже кристаллизован. И хотя интересующий белок-шип 2019-nCoV еще не расшифрован, можно использовать гомологичную структуру шипа SARS-CoV для идентификации мишеней терапевтических антител.

Аминат Аджиева, портал «Вечная молодость»http://vechnayamolodost.ru по материалам FOLDING@HOME: FOLDING@HOME Takes Up The Fight Againist COVID-19/2019-NCOV.

hoarfrost отреагировал на эту запись.

#7 · 23.03.2020, 09:09

Дополню: https://habr.com/ru/news/t/493498/

Folding@Home достиг мощности вместе взятых 7 лучших суперкомпьютеров из Top500, у проекта уже более 400 тыс.
участников.

#8 · 23.03.2020, 09:20

Так там майнерская фирма выделила мощностя.

#9 · 29.03.2020, 22:29

Цитата: zeroout от 23.03.2020, 09:09

Дополню: https://habr.com/ru/news/t/493498/

Folding@Home достиг мощности вместе взятых 7 лучших суперкомпьютеров из Top500, у проекта уже более 400 тыс.
участников.

На хабре опирались на сервер статус где скорость была 70 тысяч заданий в час.

На сегодняшний день 94,5 тысячи заданий в час. 70 - 7 лучших суперкомпов, значит 94,5 - как 9,5 лучших суперкомпов?

В общем разогнались они там не на шутку.

#10 · 02.04.2020, 22:43

А это что?

VMware Appliance for Folding@Home https://flings.vmware.com/vmware-appliance-for-folding-home