Форум

Уважаемые посетители. В связи с массовой регистрацией на форуме спамовых и рекламных аккаунтов нам пришлось установить некоторые защитные программные блоки. Если при регистрации на Ваш почтовый адрес не придет письмо с паролем для активации учетнойзаписи, прошу написать на адрес tpp12@rambler.ru или boinc.ru@yandex.ru. Я активирую учетку в ручную и вышлю Вам времнный пароль.
Пожалуйста or Регистрация для создания сообщений и тем.

Проект Rosetta@Home

Еще одна порция информации для тех, кто недоумевает, почему проект не использует преимущество GPU для ускорения расчетов (информация от 11 октября 2008 г.):

 

Проекты типа Folding@home меняют свой код редко, они в основном меняют параметры и вводные данные. Это означает, что написание узкоспециализированного кода, как например для GPU, имеет для них смысл.
Мы же постоянно меняем код (как и параметры, и вводные данные), так что написание узкоспециализированного кода для нас серьезная проблема, так как отслеживание изменений в различных версиях одного кода (не забывайте, розетта уже работает на разных платформах и ЦПУ разных архитектур) на данный момент для нас невозможно. Возможно, однажды, мы сможем заморозить часть кода и портируем код. Я знаю, что это печально и выглядит пустой тратой CPU, но как вы видите, есть много сложностей...
Источник

Array

Для тех, кто до сих пор считает, что проекты Folding@home и Rosetta@home дублируют друг друга, и не знает, какой из них выбрать:

 

Другими словами, сильная сторона Folding@home – моделирование процесса сворачивания белка, а сильная сторона Rosetta@home – расчет конструкции белка и прогнозирование структуры и стыковки белков.
Источник

Array

Очень интересная статья в тему (хоть и написана в 2008 году) - Торжество компьютерных методов: предсказание строения белков. Есть упоминание и о проекте Rosetta.

Array

Как вам такой комментарий из статьи выше - это мысли шизофреника или же человек правду говорит, и тогда проект Rosetta@Home бессмыслица?

 

Что касается этого высказывания из упомянутого комментария:

 

Увы, на таком уровне знаний смоделировать белок НЕЛЬЗЯ. С чем работают биологи? С давно мертвым белком и с мертвой клеткой. Белок и клетка в живом и теплом теле с температурой 36,6 градусов по Цельсию выстроены совсем иначе. Совсем иначе выглядит и структура ДНК - в ней нет распада нитей - они сжаты серьезно , если не подошел срок смерти клетки.

 

Прочитал это утверждение, где, как мне кажется, говорится о мертвом и живом белке:

 

Данная программа покажет графически ход вычисления трёхмерной структуры какого либо белка. Основой является поиск минимальной энергии, которую приобретает белок после сворачивания. В общем случае считается, что структура, которая обеспечивает наименьшую энергию является стабильной и in vivo (в живом организме) она имеет такую же трёхмерную структуру.

 

Кто же прав? 🙂

Array

В научно-популярном очерке [1] была поставлена биоинформационная задача: найти трехмерную структуру РНК по первичной структуре. И сделать это нужно in silico – то есть, используя компьютерное моделирование эксперимента. В качестве тестового примера взят вироидный рибозим NC_003540 с классической структурой типа “головки молотка” (Hamerhead ribozyme).

Наиболее близким по целям и способу моделирования является подход описанный в работе [2]. Но качество программного обеспечения нас не устраивало, поэтому был проведен полноценный реинжиниринг ПО Rosetta в части сворачивания РНК, в результате чего было создано независимое ПО RNAFoldingAI на языке С# [3].

Источник

 

Статья написана Сергеем Яковлевым, автором данного комментария из статьи выше и данного ПО.

Последний раз данная статья редактировалась в ноябре 2010 года. Надеюсь, что с тех пор ПО Rosetta стало намного лучше.

Array
Цитата: DimOK от 19.09.2020, 17:02

Кто же прав? 🙂

А как вы думаете? 😀 Если с Дэвидом Бэйкером "всё понятно" - результы, статьи в Nature... то каковы достижения автора комментария?

Array

hoarfrost, я просто хочу узнать, в правильном ли направлении движется Rosetta@Home 🙂

Не думаю, что Людмила Белик, автор первого комментария, взяла эти слова из головы. А Сергей Яковлев, автор другого комментария, полностью переделавший ПО Rosetta@Home, обнаружил, что на тот момент оно было непригодно для решения поставленной ими задачи - поиск трехмерной структуры РНК по первичной структуре - хотя, возможно, оно и не было для этого предназначено.

Просто не хотелось бы, что в конечном итоге авторы проекта пришли к выводу, что нельзя работать "с давно мертвым белком и с мертвой клеткой" для решения той или иной задачи.  Тут нужен трезвый взгляд эксперта. К тому же, я не собираюсь осуждать данный проект, ведь он состоит из многих подпроектов, где ученые решают разные задачи, и имеет многочисленные публикации, одобренные учеными мирового уровня.

Array

Про то, что код Rosetta (и, тут бы ещё уточнить - какой именно код!) не может предсказать структуру - в комментарии Сергея Яковлева - не увидел. Зато есть вот такой комментарий, причём со ссылками. Ну и можно просто посмотреть в новости проекта, с данными о публикациях. Если говорить об экспертах, то, наверное, у них хоть какие-то публикации в хороших журналах должны быть, а не комментарии про живой и неживой белок. 🙂 Ещё неизвестно, есть ли в мире по этим вопросам сейчас специалист лучше, чем сам Дэвид Бэйкер.

Ещё момент - связи между проектом RNAWorld и ПО RNAWorld, о котором говорилось в ссылках их комментариях - связи не увидел. Да и сам сайтик по ссылкам - довольно заброшенный.

Array

Отличные слова Дэвида Бейкера, которые вдохновляют неравнодушных принять или продолжить участие в этом грандиозном проекте:

 

"Мы можем подождать еще миллион лет, прежде чем нужный нам белок эволюционирует, или спроектировать его самостоятельно".

Источник

Array

А проект RNAWorld вообще живой, скиньте кто нибудь скрин с его считающимися заданиями...

Array