О проекте USPEX@home

#1 · 05.10.2019, 12:21

Цитата: AlexA от 05.10.2019, 12:21

USPEX (читается как "Успех" )- эволюционный алгоритм для предсказания новых материалов. Первоначально он разрабатывался для предсказания кристаллических структур, но теперь адаптирован для поиска полимеров, нанокластеров, реконструкции кристаллических поверхностей и много чего другого.

Схему работы алгоритма можно поделить на две части: глобальную оптимизацию и локальную. Глобальная - это эволюционный алгоритм (популяция, поколения, мутации, вот это вот всё. Базовая единица в поколении - это структура), а локальная - это минимизация энергии структуры, которую сгенерировал алгоритм. Минимизация энергии проводится в какой-либо из сторонних программ и может происходить на разном уровне теории. Это могут быть и квантово-химические расчёты (высокая точность), и расчёты с помощью Force Fields (низкая точность).

Обычно мы проводим расчёты с помощью теории функционала плотности (DFT, как раз квантовая химия). Это достаточно затратно по ресурсам, но в целом себя оправдывает.

Добровольные вычисления нам нужны для решения масштабных задач: коэволюционного поиска и предсказания нанокластеров с переменным составом. Коэволюционный поиск предполагает, что мы ищем соединения с заданными свойствами, проводя скрининг по всей таблице Менделеева. Это предполагает проведение большого числа небольших расчётов. Предсказание с переменным составом несколько проще: мы проводим поиск всех соединений с составом AxBy, где x и y варьируются в каком-то интервале значений (допустим от 0 до 10, тогда мы будем просматривать все соединения: AB,A2B и т. д.)

Пока проект работает в тестовом режиме и мы считали только две задачи: 1) предсказание сверхтвёрдых кристаллических материалов с переменным составом и 2) предсказание нанокластеров кремния

Подробнее про наш метод можно почитать у нас на сайте, (http://uspex-team.org/ ) есть русская и английская версии.

Есть ряд лекций нашего руководителя Артёма Оганова на Постнауке. (https://postnauka.ru/author/oganov )

Проект целиком российский. Все участники проекта работают в России, основной разработчик - Николай Храпов из ИППИ РАН, и даже разработка USPEX в настоящий момент ведётся только в России.

USPEX (читается как "Успех" )- эволюционный алгоритм для предсказания новых материалов. Первоначально он разрабатывался для предсказания кристаллических структур, но теперь адаптирован для поиска полимеров, нанокластеров, реконструкции кристаллических поверхностей и много чего другого.

Схему работы алгоритма можно поделить на две части: глобальную оптимизацию и локальную. Глобальная - это эволюционный алгоритм (популяция, поколения, мутации, вот это вот всё. Базовая единица в поколении - это структура), а локальная - это минимизация энергии структуры, которую сгенерировал алгоритм. Минимизация энергии проводится в какой-либо из сторонних программ и может происходить на разном уровне теории. Это могут быть и квантово-химические расчёты (высокая точность), и расчёты с помощью Force Fields (низкая точность).

Обычно мы проводим расчёты с помощью теории функционала плотности (DFT, как раз квантовая химия). Это достаточно затратно по ресурсам, но в целом себя оправдывает.

Добровольные вычисления нам нужны для решения масштабных задач: коэволюционного поиска и предсказания нанокластеров с переменным составом. Коэволюционный поиск предполагает, что мы ищем соединения с заданными свойствами, проводя скрининг по всей таблице Менделеева. Это предполагает проведение большого числа небольших расчётов. Предсказание с переменным составом несколько проще: мы проводим поиск всех соединений с составом AxBy, где x и y варьируются в каком-то интервале значений (допустим от 0 до 10, тогда мы будем просматривать все соединения: AB,A2B и т. д.)

Пока проект работает в тестовом режиме и мы считали только две задачи: 1) предсказание сверхтвёрдых кристаллических материалов с переменным составом и 2) предсказание нанокластеров кремния

Подробнее про наш метод можно почитать у нас на сайте, (http://uspex-team.org/ ) есть русская и английская версии.

Есть ряд лекций нашего руководителя Артёма Оганова на Постнауке. (https://postnauka.ru/author/oganov )

Проект целиком российский. Все участники проекта работают в России, основной разработчик - Николай Храпов из ИППИ РАН, и даже разработка USPEX в настоящий момент ведётся только в России.

#2 · 05.10.2019, 15:33

Похоже, они совсем забросили боинк. Ссылка на официальном сайте на проект ведет в черную дыру, да и через боинк подключится к проекту не удается.

А жаль

p.s. желательно добавить в сообщение с описанием проекта ссылку на сам проект http://uspex-at-home.ru/prediction/

#3 · 05.10.2019, 17:10

Цитата: astronom от 05.10.2019, 15:33

Похоже, они совсем забросили боинк. Ссылка на официальном сайте на проект ведет в черную дыру, да и через боинк подключится к проекту не удается.

А жаль

p.s. желательно добавить в сообщение с описанием проекта ссылку на сам проект http://uspex-at-home.ru/prediction/

Они не забросили. Они попали в ту же "дыру", что и мы. Вот чего написал мне сегодня Николай Храпов:

... [проект] не работает. Так как сервер был заблокирован вместе с остальным оборудованием.

#4 · 05.10.2019, 23:05

заблокирован, в смысле, роскомнадзором?

Просто я не в курсе про "дыру"

Жаль, если так, давно хотелось подключиться к проекту. Но либо с виртуалбоксом была проблема, либо вот как сейчас ...

#5 · 06.10.2019, 07:05

Цитата: astronom от 05.10.2019, 23:05

заблокирован, в смысле, роскомнадзором?

Просто я не в курсе про "дыру"

Жаль, если так, давно хотелось подключиться к проекту. Но либо с виртуалбоксом была проблема, либо вот как сейчас ...

"Заблокирован" это значит, что все оборудование: кластерная стойка, на которой "крутились" проекты Акустика, Uspex, ранее SAT и пр., на которой работал наш сайт BOINC.RU и на которой хранились бэкапы; а также наш Колобок и первые 2 или 3 блока Шмя-кластера от команды Crystall Dream, стоят уже полгода в опечатанном помещении (на территории ИСА РАН) и сотрудники ИППИ РАН, которым это все принадлежало/принадлежит, доступа туда не имеют. А руководство институтов вкупе с вышестоящим МинОбрНауки никак эту стандартную хозяйственную проблему по дележу помещений и переносу оборудования не решают.

#6 · 10.10.2019, 18:09

Цитата: AlexA от 06.10.2019, 07:05

Цитата: astronom от 05.10.2019, 23:05

заблокирован, в смысле, роскомнадзором?

Просто я не в курсе про "дыру"

Жаль, если так, давно хотелось подключиться к проекту. Но либо с виртуалбоксом была проблема, либо вот как сейчас ...

"Заблокирован" это значит, что все оборудование: кластерная стойка, на которой "крутились" проекты Акустика, Uspex, ранее SAT и пр., на которой работал наш сайт BOINC.RU и на которой хранились бэкапы; а также наш Колобок и первые 2 или 3 блока Шмя-кластера от команды Crystall Dream, стоят уже полгода в опечатанном помещении (на территории ИСА РАН) и сотрудники ИППИ РАН, которым это все принадлежало/принадлежит, доступа туда не имеют. А руководство институтов вкупе с вышестоящим МинОбрНауки никак эту стандартную хозяйственную проблему по дележу помещений и переносу оборудования не решают.

То есть в худшем случае, давайте смотреть прямо в глаза проблеме, опечатанное помещение может стоять годами, а в самом худшем случае, десятилетиями... А потом приходят другие люди и выбрасываю оборудование как устаревшее. )

#7 · 12.10.2019, 16:58

Цитата: Удаленный пользователь от 12.10.2019, 16:58
Описание проекта USPEX@home
Всем добрый день!

Я представляю научную часть проекта USPEX@home и с радостью готов ответить на вопрос о тех задачах, которые мы решаем с помощью нашего проекта.
USPEX (читается как "Успех" )- эволюционный алгоритм для предсказания новых материалов. Первоначально он разрабатывался для предсказания кристаллических структур, но теперь адаптирован для поиска полимеров, нанокластеров, реконструкции кристаллических поверхностей и много чего другого.
Схему работы алгоритма можно поделить на две части: глобальную оптимизацию и локальную. Глобальная - это эволюционный алгоритм (популяция, поколения, мутации, вот это вот всё. Базовая единица в поколении - это структура), а локальная - это минимизация энергии структуры, которую сгенерировал алгоритм. Минимизация энергии проводится в какой-либо из сторонних программ и может происходить на разном уровне теории. Это могут быть и квантово-химические расчёты (высокая точность), и расчёты с помощью ForceFields (низкая точность). Обычно мы проводим расчёты с помощью теории функционала плотности (DFT, как раз квантовая химия). Это достаточно затратно по ресурсам, но в целом себя оправдывает.
Добровольные вычисления нам нужны для решения масштабных задач: коэволюционного поиска и предсказания нанокластеров с переменным составом. Коэволюционный поиск предполагает, что мы ищем соединения с заданными свойствами, проводя скрининг по всей таблице Менделеева. Это предполагает проведение большого числа небольших расчётов. Предсказание с переменным составом несколько проще: мы проводим поиск всех соединений с составом AxBy, где x и y варьируются в каком-то интервале значений (допустим от 0 до 10, тогда мы будем просматривать все соединения: AB,A2B и т. д.)
Пока проект работает в тестовом режиме и мы считали только две задачи: 1) предсказание сверхтвёрдых кристаллических материалов с переменным составом и 2) предсказание нанокластеров кремния

Подробнее про наш метод можно почитать у нас на сайте, (http://uspex-team.org/ ) есть русская и английская версии.
Есть ряд лекций нашего руководителя Артёма Оганова на Постнауке. (https://postnauka.ru/author/oganov)

Если есть какие-то вопросы, то готов на них ответить

P.S. И да, проект целиком российский. Все участники проекта работают в России, основной разработчик - Николай Храпов из ИППИ РАН, и даже разработка USPEX в настоящий момент ведётся только в России.

Добавлено через 2 минуты

Как добавить проекты (как этот), которых нет в BOINC?

При добавлении проекта укажите URL http://uspex-at-home.ru/prediction/, дальше все как обычно…

Познакомиться с проектами распределенных вычислений можно здесь, (http://www.boinc.ru/projects/project.aspx) а задать любые вопросы на форуме.

Если надумали стать участником российской команды распределенных вычислений - ПРИСОЕДИНЯЙТЕСЬ. (http://www.boinc.ru/team/russia_team.htm)

Описание проекта USPEX@home
Всем добрый день!

Я представляю научную часть проекта USPEX@home и с радостью готов ответить на вопрос о тех задачах, которые мы решаем с помощью нашего проекта.
USPEX (читается как "Успех" )- эволюционный алгоритм для предсказания новых материалов. Первоначально он разрабатывался для предсказания кристаллических структур, но теперь адаптирован для поиска полимеров, нанокластеров, реконструкции кристаллических поверхностей и много чего другого.
Схему работы алгоритма можно поделить на две части: глобальную оптимизацию и локальную. Глобальная - это эволюционный алгоритм (популяция, поколения, мутации, вот это вот всё. Базовая единица в поколении - это структура), а локальная - это минимизация энергии структуры, которую сгенерировал алгоритм. Минимизация энергии проводится в какой-либо из сторонних программ и может происходить на разном уровне теории. Это могут быть и квантово-химические расчёты (высокая точность), и расчёты с помощью ForceFields (низкая точность). Обычно мы проводим расчёты с помощью теории функционала плотности (DFT, как раз квантовая химия). Это достаточно затратно по ресурсам, но в целом себя оправдывает.
Добровольные вычисления нам нужны для решения масштабных задач: коэволюционного поиска и предсказания нанокластеров с переменным составом. Коэволюционный поиск предполагает, что мы ищем соединения с заданными свойствами, проводя скрининг по всей таблице Менделеева. Это предполагает проведение большого числа небольших расчётов. Предсказание с переменным составом несколько проще: мы проводим поиск всех соединений с составом AxBy, где x и y варьируются в каком-то интервале значений (допустим от 0 до 10, тогда мы будем просматривать все соединения: AB,A2B и т. д.)
Пока проект работает в тестовом режиме и мы считали только две задачи: 1) предсказание сверхтвёрдых кристаллических материалов с переменным составом и 2) предсказание нанокластеров кремния

Подробнее про наш метод можно почитать у нас на сайте, (http://uspex-team.org/ ) есть русская и английская версии.
Есть ряд лекций нашего руководителя Артёма Оганова на Постнауке. (https://postnauka.ru/author/oganov)

Если есть какие-то вопросы, то готов на них ответить

P.S. И да, проект целиком российский. Все участники проекта работают в России, основной разработчик - Николай Храпов из ИППИ РАН, и даже разработка USPEX в настоящий момент ведётся только в России.

Добавлено через 2 минуты

Как добавить проекты (как этот), которых нет в BOINC?

При добавлении проекта укажите URL http://uspex-at-home.ru/prediction/, дальше все как обычно…

Познакомиться с проектами распределенных вычислений можно здесь, (http://www.boinc.ru/projects/project.aspx) а задать любые вопросы на форуме.

Если надумали стать участником российской команды распределенных вычислений - ПРИСОЕДИНЯЙТЕСЬ. (http://www.boinc.ru/team/russia_team.htm)

#8 · 12.10.2019, 17:34

Цитата: 12268112 от 12.10.2019, 16:58

При добавлении проекта укажите URL http://uspex-at-home.ru/prediction/, дальше все как обычно…

Пытался зайти: "Не удается получить доступ к сайту". Что через boinc, что через браузер...

Добавлено. Как теперь менять размер шрифта? Редактор чересчур простоват.

#9 · 12.10.2019, 18:31

Цитата: Freddykrug от 12.10.2019, 17:34

Цитата: 12268112 от 12.10.2019, 16:58

При добавлении проекта укажите URL http://uspex-at-home.ru/prediction/, дальше все как обычно…

Пытался зайти: "Не удается получить доступ к сайту". Что через boinc, что через браузер...

я не знаю

Добавлено. Как теперь менять размер шрифта? Редактор чересчур простоват.

#10 · 12.10.2019, 19:58

Цитата: 12268112 от 12.10.2019, 18:31

Цитата: Freddykrug от 12.10.2019, 17:34

Цитата: 12268112 от 12.10.2019, 16:58

При добавлении проекта укажите URL http://uspex-at-home.ru/prediction/, дальше все как обычно…

Пытался зайти: "Не удается получить доступ к сайту". Что через boinc, что через браузер...

я не знаю

Добавлено. Как теперь менять размер шрифта? Редактор чересчур простоват.

И я пока не знаю
А проект пока не работает, потому к нему и нельзя подключиться.