Прогресс и новости проекта SiDock@home
Итак, экватор текущего исследования пройден, с чем всех и поздравляю!
| Мишень 22: corona_RdRp_v2 (%) | 50.034 |
Почему-то посчтитанные задания не отправляются, хотя сервер приема вроде бы как должен работать...
Цитата: Pavel Kirpichenko от 21.11.2023, 09:29Итак, экватор текущего исследования пройден, с чем всех и поздравляю!
Мишень 22: corona_RdRp_v2 (%) 50.034
В последние несколько недель продвигаемся очень хорошо. Сказывается, видимо, и постепенное переоснащение кранчеров и уменьшение срока для заданий. 
Цитата: neon7515 от 29.11.2023, 15:12Почему-то посчтитанные задания не отправляются, хотя сервер приема вроде бы как должен работать...
Да, отправка заданий и приём результатов работает. Обычно такое бывает, когда устарел файл ca-bundle.crt на клиенте. Как уже писал в ветке Gerasim-а, либо обновите его, либо попробуйте просто переустановить клиент BOINC.
Этот метод для Windows больше не работает: https://boinc.ru/forum/topic/proekt-gerasimhome/?part=179#postid-8587
Уважаемые участники SiDock@home.
Мы успешно достигли 21 важной вехи в нашей продолжающейся инициативе по открытию лекарств, и этот сильный, открытый и поддерживаемый сообществом проект по открытию лекарств продолжается.
В последнее время наши исследования были рутинными: виртуальный скрининг в одной и той же библиотеке на плеяду мишеней, связанных с короной. Однако эти усилия имеют решающее значение для развития наших исследований.
В настоящее время мы готовим публикации для двух наших завершенных задач (3CLpro и PLpro) и готовим почву для будущих целей по борьбе с наркотиками (здесь мы также планируем создать пул, в котором вы, участники, поможете нам принять решение о предстоящих целевых работах).
И последнее, но не менее важное: мы благодарим всех, кто пожертвовал криптовалюту или деньги. Сумма пожертвований на данный момент составляет 639 евро и 12 140 Gridcoin. Мы планируем использовать их для закупки препаратов и проведения скрининга in vitro. Как всегда, мы благодарны всем вам за ваш вычислительный вклад и обсуждения!
Мы с нетерпением ждем дальнейшей работы над SiDock@home.
С Рождеством всех и всего наилучшего Всем!
С наилучшими пожеланиями,
Наталья, Марко, Чртомир и Иней
Хотите принять участие в распределенных вычислениях, тогда, Вам сюда:
https://boinc.berkeley.edu/wiki/Simple_view
https://boinc.berkeley.edu/download_all.php
Ссылка на git-хаб, где лежат исходники программы-клиента BOINC.
https://github.com/BOINC/boinc
Загруженные файлы:
Дорогие друзья, мы получили результаты для различных целей SARS-CoV-2. Вычисления продолжаются, и мы хотим узнать ваше мнение о следующей цели. Проголосовать за одного из них можно до 5 февраля 2024 года.
- Дальнейшие исследования основной протеазы SARS-CoV-2 (3CLpro)
Это важнейшая терапевтическая мишень против SARS-CoV-2. 3CLpro (цистеиновая протеаза; EC 3.4.22.69), в частности, имеет решающее значение для расщепления полипротеинов коронавируса с образованием зрелых неструктурных белков, которые сами по себе необходимы для механизмов репликации вируса. Нам все еще нужно гораздо больше исследований по этой цели в поисках новых, более мощных ингибиторов.
- Гликопротеин вируса Эбола (GP).
Вирус Эбола является опасным патогеном для человека, и эта мишень может стать идеальным примером для исследования сценария разработки лекарств типа ИПП. Гликопротеин EBOV (GP) является единственным экспрессируемым вирусом белком на поверхности вириона и имеет решающее значение для прикрепления к клеткам-хозяевам и катализа слияния мембран.
- Коронавирус синдрома острой диареи свиней (SADS-CoV PLpro).
Эта цель позволит нам изучить дизайн на нескольких связанных вирусных мишенях. Коронавирус синдрома острой диареи свиней (SADS-CoV), недавно появившийся кишечный коронавирус, считается связанным с синдромом острой диареи свиней (SADS), который нанес значительный экономический ущерб свиноводству. Патоген указывает на потенциал перехода к хозяину.
https://www.sidock.si/sidock/forum_thread.php?id=268#2178
Голосование: https://www.sidock.si/sidock/poll_vote.php?id=65b3a7251b64817062725491122
После того, как для ARM-овы были сгенерированы последние задания из 98-го блока лигандов для мишени corona_RdRp_v2, дня 2-3 новые задания не выдавали, но со вчерашнего вечера "переключили" приложение cmdock-s (то есть, ARM-воское) на другую мишень, которая считалась ещё до corona_RdRp_v2 и где-то с января 2023 года - стоявшей в очереди - corona_Sprot_delta_v1. Ранее эта мишень уже обрабатывалась, а в рамах этого поиска решено попробовать организовать обработку немного по другому:
- Каждое задание создаётся в 4-х копиях;
- При моделировании сохраняются результаты по всем лигандам (в рамках обычного поиска результаты с плохим связыванием - не записываются).
Так как задания для этой мишени едвали не саме короткие, то решили отдать ARM-ам именно эту большую задачу, но гораздо более мелкими отдельными заданиями.
А так пока нет новостей по поводу сроков выпуска GPU приложения?
Цитата: Yura12 от 10.02.2024, 21:26А так пока нет новостей по поводу сроков выпуска GPU приложения?
Вот лично я - никаких не видел.
Пошли первые результаты от расчёта заданий 11-й мишени (corona_Sprot_delta_v1) на ARM-ах - время счёта задания на одноплатниках вида Repka Pi 3 и Raspberry Pi 3B+ - около 15 .. 20 часов! При том, что это задания не по 100 лигандов, а по 500. И это здорово! Для ARM-ов нашлась хорошая задача, у кого есть - можно подключать.