Прогресс и новости проекта SiDock@home
А не пробовала ли академия наук Петрозаводска обратиться в федеральную образовательную сеть НИКС (которая предоставляет не только интернет в университеты и РАН), но ещё и вычислительный кластер https://services.niks.su/hpc/ именно от дирекции, с объяснением, что у нас идёт научный проект SiDock@Home и нужны ресурсы?
Уважаемые участники, поскольку цель № 22 почти завершена, мы рады представить следующую цель.
https://www.sidock.si/sidock/forum_thread.php?id=285
Большинство из вас проголосовали за гликопротеин вируса Эбола (ГП) (174 из 425 голосов, вау!)
Вирус Эбола — высоковирулентный патоген, вызывающий геморрагическую лихорадку Эбола, тяжелое и часто смертельное заболевание. Ключевым фактором способности вируса инфицировать клетки хозяина и вызывать заболевание является его поверхностный гликопротеин (ГП), что делает его привлекательной целью для разработки противовирусных препаратов.
ГП Эбола — это тримерный белок, состоящий из двух субъединиц на мономер: GP1, отвечающий за связывание с рецептором, и GP2, который опосредует слияние между вирусной и клеточной мембранами хозяина.
Первоначально синтезированный как белок-предшественник, ГП расщепляется протеазами хозяина (фурин, катепсин) на свои функциональные субъединицы, процесс, необходимый для его роли в опосредовании проникновения вируса.
GP облегчает прикрепление вируса к поверхности клетки-хозяина, за которым следуют конформационные изменения, которые обеспечивают слияние мембран, позволяя вирусу проникать в клетку-хозяина (к эндосомальному рецептору Ниманна-Пика C1 (NPC1) хозяина или через прямое связывание с мембраной; Vaknin et al.; ACS Infect. Dis. 2024, 10, 5, 1590–1601). Нацеливание на GP для разработки лекарств выгодно из-за его важной роли в вирусной инфекции, его высококонсервативной структуры среди различных штаммов вируса Эбола и наличия специфических полостей связывания, которые могут вмещать ингибиторы малых молекул.
Структурные исследования с использованием таких методов, как рентгеновская кристаллография, идентифицировали эти полости связывания и выяснили конформацию GP как в свободном, так и в ингибированном состоянии. Эти идеи позволяют разрабатывать препараты, которые могут специфически связываться с GP и ингибировать его, стабилизируя его в его предслиятельной конформации или препятствуя его расщеплению, тем самым предотвращая необходимые конформационные изменения для слияния мембран. Мы будем использовать структуры высокого разрешения для проведения экспериментов по виртуальному скринингу в сочетании с моделированием молекулярной динамики, чтобы в конечном итоге идентифицировать потенциальные ингибиторы/модуляторы GP.
Перспективные соединения, идентифицированные с помощью этих вычислительных методов, как мы надеемся, пройдут дальнейшую проверку с использованием биохимических анализов, анализов проникновения псевдовирусов и структурного анализа для подтверждения их ингибирующей активности.
Нацеливание на GP обеспечивает специфичность, поскольку сводит к минимуму нецелевые эффекты на клетки-хозяева и снижает вероятность развития резистентности.
Более того, из-за консервативной природы GP препараты, нацеленные на него, могут быть эффективны против множества штаммов и вариантов вируса Эбола. Мы надеемся, что наши вычисления внесут вклад в борьбу с Эболой!
Загруженные файлы:
Выпущены задания "ebola_GP_v1". За ними последует хвост задач "corona_RdRp_v2".
Спасибо за участие!
С началом работы над ebola_GP_v1 отмечается рост количества пользователей, участвующих в проекте:
Загруженные файлы:
Интересно, с чем связан такой рост производительности?
Загруженные файлы:
WCG "ушел в отпуск" на месяц или около того. Вот народ и переключился на другой проект.
Нет, не поэтому. С 5 по 8 декабря на formula boinc спринт проводился.
https://www.formula-boinc.org/sprints.py?race=0&division=1&standing=team
Всем привет! Основной поток заданий для 23-й мишени (ebola_GP_v1) завершился, а новых белков-мишеней пока нет, поэтому досчитывается хвост по 23-й и какое-то время будут задачи расширенной обработки мишени № 11 - corona_Sprot_delta_v1 (%), но которые выпускаются только для ARM-ов. Windows-машины, если кому не жалко, приглашаем в RakeSearch. У него с заданиями пока вроде проблем нет. 
Вопрос. А поскольку сейчас нет новой работы в проекте SiDock - так может быть в него поставить часть экспериментов из RakeSearch ?
Ведь надо иметь ввиду, что SiDock подключен на компьютерах многих пользователей + он белом листе Gridcoin поэтому эксперименты из RakeSearch получат огромные вычислительные мощности.
Раз есть такая возможность - надо использовать.