Форум

Уважаемые посетители. В связи с массовой регистрацией на форуме спамовых и рекламных аккаунтов нам пришлось установить некоторые защитные программные блоки. Если при регистрации на Ваш почтовый адрес не придет письмо с паролем для активации учетнойзаписи, прошу написать на адрес tpp12@rambler.ru или boinc.ru@yandex.ru. Я активирую учетку в ручную и вышлю Вам времнный пароль.
Пожалуйста or Регистрация для создания сообщений и тем.

SiDock@home

Народ требует хлеба и зрелищ SiDock на GridCoin.

Так что вы подумайте 😉

Загруженные файлы:
  • Вам нужно войти, чтобы просматривать прикрепленные файлы..
Array

Предыдущие мишени отработаны на 100%. Когда ждать новых заданий?

Array

Сейчас занимается дополнительной проверкой полученных результатов, иногда отправляем в проект дополнительные задания - на пересчёт отдельных workunit-ов. Как только завершим - будут новые!

Array
Цитата: Shsh от 23.10.2020, 11:37

Суть проекта - виртуальный скрининг для белков коронавируса, или перебор большой базы молекул (примерно миллиарда) в поисках лекарства.

Добрый день! Интересует, что это за список из миллиарда молекул, кто его предоставил, можно ли с ним ознакомиться?

Интересует, есть ли в в нем такие вещества, как триазавирин, лопинавир, ритонавир, фавипиравир, ремдесевир?

Если есть, то каковы предварительные результаты исследований именно по этим веществам?

Array

Вы издеваетесь или реально не умеете искать информацию?
С сайта https://covid.si/ru/

А вообще, вот самые популярные базы данных: http://autodock.scripps.edu/resources/databases

Загруженные файлы:
  • Вам нужно войти, чтобы просматривать прикрепленные файлы..
Array

А по моему, Вы издеваетесь. Не можете сообщить ни об одном открытии "словенских ученых".

Прошу, дайте ссылку, например, на лопинавир - нет ссылки.

Прошу - опубликуйте промежуточные данные по лопинавиру - нет данных.

 

Array
Цитата: sojourner от 23.02.2021, 14:14
Цитата: Shsh от 23.10.2020, 11:37

Суть проекта - виртуальный скрининг для белков коронавируса, или перебор большой базы молекул (примерно миллиарда) в поисках лекарства.

Добрый день! Интересует, что это за список из миллиарда молекул, кто его предоставил, можно ли с ним ознакомиться?

Интересует, есть ли в в нем такие вещества, как триазавирин, лопинавир, ритонавир, фавипиравир, ремдесевир?

Если есть, то каковы предварительные результаты исследований именно по этим веществам?

Здравствуйте! Что именно считается в проекте - это действительно важный вопрос. Люди предоставляют свои компьютеры и хотят знать, что именно на них выполняется. Поэтому мы используем ПО с открытым исходным кодом, и входные/выходные файлы никак не шифруются. Но есть также определенные моменты, связанные с правилами научных публикаций. Из-за этих моментов мы не всегда можем сразу ответить на каждый вопрос.

  1. База молекул разработана коллективом авторов проекта COVID.SI и будет представлять собой практически отдельную научную публикацию. Мы не можем предварительно опубликовать её полностью, так как это может стать серьезной проблемой для последующей публикации.
  2. Публиковать предварительные результаты по конкретным веществам тоже крайне нежелательно до выхода в печать официальной статьи.
  3. Как правило, в библиотеки для виртуального скрининга лекарств действительно входит база уже зарегистрированных лекарств, и именно с них начинается поиск. Ведь есть возможность репозиционировать существующее лекарство, что гораздо быстрее разработки лекарства с нуля.
  4. Предварительные результаты по существующим антивирусным препаратам - это ни в коем случае не рекомендация для самолечения. Лечение всегда назначает врач! В данном проекте мы лишь формируем рекомендации для последующих этапов разработки лекарства, а окончательные решения будут принимать медицинские работники.

(я знаю, что было бы очень интересно следить за процессом исследований "в реальном времени", и у меня когда-то было желание публиковать промежуточные результаты на сервере проекта, но более опытные коллеги-ученые объяснили, что это крайне нежелательно сразу по нескольким причинам).

 

Array
atch, PinkFloyd and V0d01ey have reacted to this post.
atchPinkFloydV0d01ey
Цитата: sojourner от 23.02.2021, 19:38

А по моему, Вы издеваетесь. Не можете сообщить ни об одном открытии "словенских ученых".

Прошу, дайте ссылку, например, на лопинавир - нет ссылки.

Прошу - опубликуйте промежуточные данные по лопинавиру - нет данных.

Я Вам скинул ссылку на научные публикации. Этого Вам недостаточно?
И ссылки на лопинавир Вы не просили. И даже если бы и просили - если информация не в открытом доступе - значит есть тому причина. Если Вас так интересует данная тематика - открывайте архивы научных публикаций по интересующему Вас лекарству и читайте.

Array
atch has reacted to this post.
atch
Цитата: Shsh от 23.02.2021, 20:18

 

Спасибо за информацию! Хоть что-то об отсутствии информации о результатах. А вот еще вопрос. Если я правильно понял, примерно в течение месяца проверяется та база из миллиарда молекул на соответствие конкретному рецептору вируса. Это примерно 385 молекул в секунду, имеющих трехмерную структуру. Насколько точно вычисляется афинность молекулы исследуемого вещества белковому соединению, рецептору? Разве, мощности проекта могут "прогонять" такое количество молекул в секунду? Или, это достаточно поверхностный скрининг?

Array
Цитата: sojourner от 24.02.2021, 08:50
Цитата: Shsh от 23.02.2021, 20:18

 

Спасибо за информацию! Хоть что-то об отсутствии информации о результатах. А вот еще вопрос. Если я правильно понял, примерно в течение месяца проверяется та база из миллиарда молекул на соответствие конкретному рецептору вируса. Это примерно 385 молекул в секунду, имеющих трехмерную структуру. Насколько точно вычисляется афинность молекулы исследуемого вещества белковому соединению, рецептору? Разве, мощности проекта могут "прогонять" такое количество молекул в секунду? Или, это достаточно поверхностный скрининг?

В проекте проводится молекулярный докинг с целью сузить пространство поиска. То есть вычисление аффинности на данном этапе не производится вообще, а производится оценка способности связывания молекул с рецептором. Вычисление аффинности будет производиться на последующих этапах для наиболее перспективных молекул, которые отбираются на этапе молекулярного докинга.

Array
hoarfrost, Pavel Kirpichenko and V0d01ey have reacted to this post.
hoarfrostPavel KirpichenkoV0d01ey