TN-Grid Platform
Цитата: DimOK от 29.11.2021, 17:19Судя по этой ветке, 14 октября сего года система хранения данных университета стала работать крайне медленно, работу генератора заданий временно приостановили.
10 ноября со слов администратора проекта стало известно, что причины проблемы неизвестны, но новое устройство для хранения уже заказали, хотя из-за юридических проволочек оно задерживается. Вместо университетской администратор проекта обещал переключиться на какую-то местную NFS систему – как он утверждает, не такую большую, но надежную. Правда, в этом же посте написал, что похоже проблему устранили.
24 ноября один пользователь пожаловался, что генератор заданий не работает, а другой предположил, что проблема снова в сервере.
Сам администратор новых сведений пока не сообщил.
Сейчас генератор выдал небольшую пачку заданий (всего лишь 10% от обычной), но не все мои хосты их получили.
В общем, пока как-то так.
Судя по этой ветке, 14 октября сего года система хранения данных университета стала работать крайне медленно, работу генератора заданий временно приостановили.
10 ноября со слов администратора проекта стало известно, что причины проблемы неизвестны, но новое устройство для хранения уже заказали, хотя из-за юридических проволочек оно задерживается. Вместо университетской администратор проекта обещал переключиться на какую-то местную NFS систему – как он утверждает, не такую большую, но надежную. Правда, в этом же посте написал, что похоже проблему устранили.
24 ноября один пользователь пожаловался, что генератор заданий не работает, а другой предположил, что проблема снова в сервере.
Сам администратор новых сведений пока не сообщил.
Сейчас генератор выдал небольшую пачку заданий (всего лишь 10% от обычной), но не все мои хосты их получили.
В общем, пока как-то так.
Цитата: Shmya-2 от 08.01.2022, 19:40В процессе переноса кода на ГПУ получилось запустить одновременно 10 приложений на одной видеокарте gt 730 и rx470.
Ускорение производительности получилось ×9 по сравнению с однопотоком r5 2600.
Пока не самые обнадеживающие результаты, но они лучше, чем в предыдущих попытках - последнее стабильное приложение для ГПУ давало производительность 1 к 1.
Пока работа идет в двух направлениях: 1) попытка запустить больше потоков одновременно; 2) поиск узких мест алгоритма
В процессе переноса кода на ГПУ получилось запустить одновременно 10 приложений на одной видеокарте gt 730 и rx470.
Ускорение производительности получилось ×9 по сравнению с однопотоком r5 2600.
Пока не самые обнадеживающие результаты, но они лучше, чем в предыдущих попытках - последнее стабильное приложение для ГПУ давало производительность 1 к 1.
Пока работа идет в двух направлениях: 1) попытка запустить больше потоков одновременно; 2) поиск узких мест алгоритма
Цитата: Yura12 от 09.01.2022, 14:15
А почему приложения для GPU нет здесь: https://gene.disi.unitn.it/test/apps.php ?
А почему приложения для GPU нет здесь: https://gene.disi.unitn.it/test/apps.php ?
Цитата: DimOK от 09.01.2022, 14:40По словам администратора и тестера проекта, "выбор организма для исследований (создание сети генов), а также изменение некоторых параметров алгоритма, расширение других генных сетей или создание другой базы данных экспрессий генов, будет зависеть от биологов проекта. Нам было бы интересно "вычислить" все гены мира, но это нереалистичная задача".
Действительно, эта задача выглядит грандиозной, но благодаря этому приложению для GPU можно сделать эту миссию более выполнимой. Думаю, найдется немало желающих, которым это будет интересно, учитывая такую производительность на видеокартах.
Уважаемый Shmya-2, сколько времени уходит на расчет одного задания, и является ли данное приложение стабильным?
По словам администратора и тестера проекта, "выбор организма для исследований (создание сети генов), а также изменение некоторых параметров алгоритма, расширение других генных сетей или создание другой базы данных экспрессий генов, будет зависеть от биологов проекта. Нам было бы интересно "вычислить" все гены мира, но это нереалистичная задача".
Действительно, эта задача выглядит грандиозной, но благодаря этому приложению для GPU можно сделать эту миссию более выполнимой. Думаю, найдется немало желающих, которым это будет интересно, учитывая такую производительность на видеокартах.
Уважаемый Shmya-2, сколько времени уходит на расчет одного задания, и является ли данное приложение стабильным?

Информация
15.10.2019
Цитата: Pavel Kirpichenko от 11.01.2022, 12:18Пока что заданий для ГПУ нет. А есть какие-нибудь сведения - когда их ждать?
Пока что заданий для ГПУ нет. А есть какие-нибудь сведения - когда их ждать?
Цитата: DimOK от 24.01.2022, 15:21По словам администратора проекта, "если говорить о Vitis vinifera (винограде культурном), биологи работают над новым набором данных об экспрессии генов, который является улучшенной версией предыдущего набора, и планируют расширить его в ближайшие месяцы".
По словам администратора проекта, "если говорить о Vitis vinifera (винограде культурном), биологи работают над новым набором данных об экспрессии генов, который является улучшенной версией предыдущего набора, и планируют расширить его в ближайшие месяцы".
Цитата: DimOK от 30.01.2022, 08:05Один кранчер под ником Technologov пообещал в скором времени развернуть и подключить Linux-кластер на 4000 ядер к проекту TN-Grid. Ждем! 🙂
Один кранчер под ником Technologov пообещал в скором времени развернуть и подключить Linux-кластер на 4000 ядер к проекту TN-Grid. Ждем! 🙂
Цитата: DimOK от 01.02.2022, 12:40Technologov планирует использовать в будущем кластере большое количество купленных по дешевке процессоров Dual Xeon E5 2680 v4 ("Broadwell") и Dual Xeon Platinum 8176 ("Skylake").
Technologov планирует использовать в будущем кластере большое количество купленных по дешевке процессоров Dual Xeon E5 2680 v4 ("Broadwell") и Dual Xeon Platinum 8176 ("Skylake").
Цитата: Удаленный пользователь от 02.07.2022, 15:28Неужели!? У меня получилось подключить этот проект:
Приложение gene@home PC-IM 1.11 (avx)
Задание 210391_Hs_T125325-DOK1_wu-266_1656306995607
Состояние Загрузка данных
Получено 02.07.2022 17:24:36
Отправить до 07.07.2022 17:24:37
Предполагаемый объём вычислений 66 419 GFLOPs
Исполняемый файл gene_pcim_v1.11_win64__avx.exe
Неужели!? У меня получилось подключить этот проект:
Приложение gene@home PC-IM 1.11 (avx)
Задание 210391_Hs_T125325-DOK1_wu-266_1656306995607
Состояние Загрузка данных
Получено 02.07.2022 17:24:36
Отправить до 07.07.2022 17:24:37
Предполагаемый объём вычислений 66 419 GFLOPs
Исполняемый файл gene_pcim_v1.11_win64__avx.exe
Загруженные файлы:

Информация
15.10.2019
Цитата: Pavel Kirpichenko от 31.03.2023, 13:21Похоже, что текущий эксперимент Homo Sapiens (OneGenE - FANTOM-1) завершен. Прогресс 100%. Новых заданий в статусе сервера не видно.
Похоже, что текущий эксперимент Homo Sapiens (OneGenE - FANTOM-1) завершен. Прогресс 100%. Новых заданий в статусе сервера не видно.