TN-Grid Platform
http://gene.disi.unitn.it/test/
В настоящее время работает подпроект OneGenE. Он "направлен на расширение каждого отдельного гена организма.
Основная идея OneGenE состоит в том, что, если мы вычислим список расширения генов для каждого гена организма, мы сможем использовать эти расширения несколько раз, чтобы создать окончательный список расширения любой локальной сети генов. При использовании предыдущих методов расширения генной сети на результаты, которые мы рассчитывали, влияло знание локальной генной сети, включенной в каждый эксперимент. Это означает, что, когда мы хотим расширить другую локальную генную сеть, мы не можем использовать результаты, которые мы уже вычислили для того же организма. Нам нужно запланировать новые специальные эксперименты для новой локальной генной сети, представляющей интерес ... и это займет много вычислительного времени.
С OneGenE мы сможем создать общедоступную базу данных, содержащую отдельные расширения для каждого гена организма. С этой общедоступной базой данных мы предложим возможность в очень короткие сроки создать список расширения генной сети, комбинируя уже вычисленные одиночные расширения".
Расчет работает хорошо. Задания примерно на 4 часа (на моем кор ай 5). Чекпоинты есть.
Новость от 14 сентября 2020 года: Фонд высокопроизводительных вычислений компании AMD (AMD COVID-19 HPC Fund) выбрал их проект gene@home для помощи в проведении научных исследований, связанных с COVID-19. Помимо университета Тренто, который занимается данным проектом, помощь получат ещё 15 университетов. AMD также выделит мощности облачной системы на базе процессоров AMD EPYC и AMD Radeon Instinct, расположенной в Penguin Computing. Всего будет выделено мощностей в размере 7 петафлопс!
Цитата: DimOK от 20.09.2020, 10:15Фонд высокопроизводительных вычислений компании AMD (AMD COVID-19 HPC Fund) выбрал их проект gene@home для помощи в проведении научных исследований, связанных с COVID-19. Помимо университета Тренто, который занимается данным проектом, помощь получат ещё 15 университетов. AMD также выделит мощности облачной системы на базе процессоров AMD EPYC и AMD Radeon Instinct, расположенной в Penguin Computing. Всего будет выделено мощностей в размере 7 петафлопс!
круто
Администратор проекта дал следующие комментарии:
Этот грант предоставит нам годичный доступ к двум вычислительным узлам AMD, каждый из которых оснащен AMD Epyc "Rome" и 8 ускорителями AMD Radeon Instinct ™ MI50.
Это не решит нашу хорошо известную проблему с сервером (было бы слишком сложно перенести сервер на новую машину и вернуться к исходной через год), однако мы получим невероятный прирост вычислительной мощности нашего проекта, а также возможность исследовать алгоритмы глубокого обучения.
П.С. Информацию для этого поста также взял из этой новости.
Небольшое дополнение. Администратор проекта говорит так:
"... Our gene@home project was chosen by AMD together with a dozen of prestigious institutions and we are very proud of this. We are a small group and our computational power relies basically on the volunteers contribution, without you we weren't able to do the work we did, thank you all. ..."
То есть, "gene@home" выбран вместе с дюжиной(?), группой(?) других заведений. То есть ему достанется небольшой кусочек. Вычислительная же мщность проекта базируется именно на участниках. Далее он говорит о том, что это за кусочек:
"... The grant will give us access, for one year, to two AMD computational nodes, each one equipped with a AMD Epyc "Rome" and 8 AMD Radeon Instinct™ MI50 Accelerators. ..."
Два узла, в каждом по EPYC Rome + 8 Radeon Instinct. На фоне даже небольшого проекта РВ - помощь не меняющая ситуация в самом проекте, хотя и хорошая. А вот далее он говорит чем это для них действительно важно:
"... This will not solve our well known server problem (it would be too complicated to transfer the server to the new machine and come back to the orginal one after one year) but it will give us a tremendous boost to our in-house computational power, also giving us the opportunity to explore Deep Learning algorithms. ..."
А хорошо это тем, что усилит из "внутренние" вычислительные мощности - как я понимаю, для опробования идей, постобработки и так далее. Но AMD в любом случае молодцы - решили поддержать сразу много идей, пусть и по чуть-чуть (а где-то и побольше!).
А может стоит попробовать подать им заявку, чтобы они выделили бы хоть немного проекту Gerasim@Home а вдруг что из этого и получится?
Цитата: Yura12 от 22.09.2020, 12:33
А может стоит попробовать подать им заявку, чтобы они выделили бы хоть немного проекту Gerasim@Home а вдруг что из этого и получится?
Мечтать не вредно 
Они выделили ресурсы исключительно для проектов, занимающихся исследованиями в области COVID-19.
Можно к китайцам обратиться (шутка). Читал где-то, что некоторые их суперкомпьютеры простаивают - их понастроили, чтобы обойти США по мощности. А заданий на всех не хватает. Вот они и стоят иногда без дела.
А никто не знает, а через какой промежуток времени в TN-Grid происходят чекпоинты?
киньте ссылку для подключения? плииз...