Проект Rosetta@Home
Цитата: DimOK от 16.09.2020, 09:12Еще одна порция информации для тех, кто недоумевает, почему проект не использует преимущество GPU для ускорения расчетов (информация от 11 октября 2008 г.):
Проекты типа Folding@home меняют свой код редко, они в основном меняют параметры и вводные данные. Это означает, что написание узкоспециализированного кода, как например для GPU, имеет для них смысл.
Мы же постоянно меняем код (как и параметры, и вводные данные), так что написание узкоспециализированного кода для нас серьезная проблема, так как отслеживание изменений в различных версиях одного кода (не забывайте, розетта уже работает на разных платформах и ЦПУ разных архитектур) на данный момент для нас невозможно. Возможно, однажды, мы сможем заморозить часть кода и портируем код. Я знаю, что это печально и выглядит пустой тратой CPU, но как вы видите, есть много сложностей...
Источник
Еще одна порция информации для тех, кто недоумевает, почему проект не использует преимущество GPU для ускорения расчетов (информация от 11 октября 2008 г.):
Проекты типа Folding@home меняют свой код редко, они в основном меняют параметры и вводные данные. Это означает, что написание узкоспециализированного кода, как например для GPU, имеет для них смысл.
Мы же постоянно меняем код (как и параметры, и вводные данные), так что написание узкоспециализированного кода для нас серьезная проблема, так как отслеживание изменений в различных версиях одного кода (не забывайте, розетта уже работает на разных платформах и ЦПУ разных архитектур) на данный момент для нас невозможно. Возможно, однажды, мы сможем заморозить часть кода и портируем код. Я знаю, что это печально и выглядит пустой тратой CPU, но как вы видите, есть много сложностей...
Источник
Цитата: DimOK от 16.09.2020, 09:15Для тех, кто до сих пор считает, что проекты Folding@home и Rosetta@home дублируют друг друга, и не знает, какой из них выбрать:
Другими словами, сильная сторона Folding@home – моделирование процесса сворачивания белка, а сильная сторона Rosetta@home – расчет конструкции белка и прогнозирование структуры и стыковки белков.
Источник
Для тех, кто до сих пор считает, что проекты Folding@home и Rosetta@home дублируют друг друга, и не знает, какой из них выбрать:
Другими словами, сильная сторона Folding@home – моделирование процесса сворачивания белка, а сильная сторона Rosetta@home – расчет конструкции белка и прогнозирование структуры и стыковки белков.
Источник
Цитата: DimOK от 19.09.2020, 16:47Очень интересная статья в тему (хоть и написана в 2008 году) - Торжество компьютерных методов: предсказание строения белков. Есть упоминание и о проекте Rosetta.
Очень интересная статья в тему (хоть и написана в 2008 году) - Торжество компьютерных методов: предсказание строения белков. Есть упоминание и о проекте Rosetta.
Цитата: DimOK от 19.09.2020, 17:02Как вам такой комментарий из статьи выше - это мысли шизофреника или же человек правду говорит, и тогда проект Rosetta@Home бессмыслица?
Что касается этого высказывания из упомянутого комментария:
Увы, на таком уровне знаний смоделировать белок НЕЛЬЗЯ. С чем работают биологи? С давно мертвым белком и с мертвой клеткой. Белок и клетка в живом и теплом теле с температурой 36,6 градусов по Цельсию выстроены совсем иначе. Совсем иначе выглядит и структура ДНК - в ней нет распада нитей - они сжаты серьезно , если не подошел срок смерти клетки.
Прочитал это утверждение, где, как мне кажется, говорится о мертвом и живом белке:
Данная программа покажет графически ход вычисления трёхмерной структуры какого либо белка. Основой является поиск минимальной энергии, которую приобретает белок после сворачивания. В общем случае считается, что структура, которая обеспечивает наименьшую энергию является стабильной и in vivo (в живом организме) она имеет такую же трёхмерную структуру.
Кто же прав?
Как вам такой комментарий из статьи выше - это мысли шизофреника или же человек правду говорит, и тогда проект Rosetta@Home бессмыслица?
Что касается этого высказывания из упомянутого комментария:
Увы, на таком уровне знаний смоделировать белок НЕЛЬЗЯ. С чем работают биологи? С давно мертвым белком и с мертвой клеткой. Белок и клетка в живом и теплом теле с температурой 36,6 градусов по Цельсию выстроены совсем иначе. Совсем иначе выглядит и структура ДНК - в ней нет распада нитей - они сжаты серьезно , если не подошел срок смерти клетки.
Прочитал это утверждение, где, как мне кажется, говорится о мертвом и живом белке:
Данная программа покажет графически ход вычисления трёхмерной структуры какого либо белка. Основой является поиск минимальной энергии, которую приобретает белок после сворачивания. В общем случае считается, что структура, которая обеспечивает наименьшую энергию является стабильной и in vivo (в живом организме) она имеет такую же трёхмерную структуру.
Кто же прав?
Цитата: DimOK от 19.09.2020, 17:26В научно-популярном очерке [1] была поставлена биоинформационная задача: найти трехмерную структуру РНК по первичной структуре. И сделать это нужно in silico – то есть, используя компьютерное моделирование эксперимента. В качестве тестового примера взят вироидный рибозим NC_003540 с классической структурой типа “головки молотка” (Hamerhead ribozyme).
Наиболее близким по целям и способу моделирования является подход описанный в работе [2]. Но качество программного обеспечения нас не устраивало, поэтому был проведен полноценный реинжиниринг ПО Rosetta в части сворачивания РНК, в результате чего было создано независимое ПО RNAFoldingAI на языке С# [3].
Статья написана Сергеем Яковлевым, автором данного комментария из статьи выше и данного ПО.
Последний раз данная статья редактировалась в ноябре 2010 года. Надеюсь, что с тех пор ПО Rosetta стало намного лучше.
В научно-популярном очерке [1] была поставлена биоинформационная задача: найти трехмерную структуру РНК по первичной структуре. И сделать это нужно in silico – то есть, используя компьютерное моделирование эксперимента. В качестве тестового примера взят вироидный рибозим NC_003540 с классической структурой типа “головки молотка” (Hamerhead ribozyme).
Наиболее близким по целям и способу моделирования является подход описанный в работе [2]. Но качество программного обеспечения нас не устраивало, поэтому был проведен полноценный реинжиниринг ПО Rosetta в части сворачивания РНК, в результате чего было создано независимое ПО RNAFoldingAI на языке С# [3].
Статья написана Сергеем Яковлевым, автором данного комментария из статьи выше и данного ПО.
Последний раз данная статья редактировалась в ноябре 2010 года. Надеюсь, что с тех пор ПО Rosetta стало намного лучше.
Цитата: hoarfrost от 19.09.2020, 23:32Цитата: DimOK от 19.09.2020, 17:02Кто же прав? ?
А как вы думаете? Если с Дэвидом Бэйкером "всё понятно" - результы, статьи в Nature... то каковы достижения автора комментария?
Цитата: DimOK от 19.09.2020, 17:02Кто же прав? ?
А как вы думаете? Если с Дэвидом Бэйкером "всё понятно" - результы, статьи в Nature... то каковы достижения автора комментария?
Цитата: DimOK от 20.09.2020, 09:34hoarfrost, я просто хочу узнать, в правильном ли направлении движется Rosetta@Home
Не думаю, что Людмила Белик, автор первого комментария, взяла эти слова из головы. А Сергей Яковлев, автор другого комментария, полностью переделавший ПО Rosetta@Home, обнаружил, что на тот момент оно было непригодно для решения поставленной ими задачи - поиск трехмерной структуры РНК по первичной структуре - хотя, возможно, оно и не было для этого предназначено.
Просто не хотелось бы, что в конечном итоге авторы проекта пришли к выводу, что нельзя работать "с давно мертвым белком и с мертвой клеткой" для решения той или иной задачи. Тут нужен трезвый взгляд эксперта. К тому же, я не собираюсь осуждать данный проект, ведь он состоит из многих подпроектов, где ученые решают разные задачи, и имеет многочисленные публикации, одобренные учеными мирового уровня.
hoarfrost, я просто хочу узнать, в правильном ли направлении движется Rosetta@Home
Не думаю, что Людмила Белик, автор первого комментария, взяла эти слова из головы. А Сергей Яковлев, автор другого комментария, полностью переделавший ПО Rosetta@Home, обнаружил, что на тот момент оно было непригодно для решения поставленной ими задачи - поиск трехмерной структуры РНК по первичной структуре - хотя, возможно, оно и не было для этого предназначено.
Просто не хотелось бы, что в конечном итоге авторы проекта пришли к выводу, что нельзя работать "с давно мертвым белком и с мертвой клеткой" для решения той или иной задачи. Тут нужен трезвый взгляд эксперта. К тому же, я не собираюсь осуждать данный проект, ведь он состоит из многих подпроектов, где ученые решают разные задачи, и имеет многочисленные публикации, одобренные учеными мирового уровня.
Цитата: hoarfrost от 21.09.2020, 10:30Про то, что код Rosetta (и, тут бы ещё уточнить - какой именно код!) не может предсказать структуру - в комментарии Сергея Яковлева - не увидел. Зато есть вот такой комментарий, причём со ссылками. Ну и можно просто посмотреть в новости проекта, с данными о публикациях. Если говорить об экспертах, то, наверное, у них хоть какие-то публикации в хороших журналах должны быть, а не комментарии про живой и неживой белок. Ещё неизвестно, есть ли в мире по этим вопросам сейчас специалист лучше, чем сам Дэвид Бэйкер.
Ещё момент - связи между проектом RNAWorld и ПО RNAWorld, о котором говорилось в ссылках их комментариях - связи не увидел. Да и сам сайтик по ссылкам - довольно заброшенный.
Про то, что код Rosetta (и, тут бы ещё уточнить - какой именно код!) не может предсказать структуру - в комментарии Сергея Яковлева - не увидел. Зато есть вот такой комментарий, причём со ссылками. Ну и можно просто посмотреть в новости проекта, с данными о публикациях. Если говорить об экспертах, то, наверное, у них хоть какие-то публикации в хороших журналах должны быть, а не комментарии про живой и неживой белок. Ещё неизвестно, есть ли в мире по этим вопросам сейчас специалист лучше, чем сам Дэвид Бэйкер.
Ещё момент - связи между проектом RNAWorld и ПО RNAWorld, о котором говорилось в ссылках их комментариях - связи не увидел. Да и сам сайтик по ссылкам - довольно заброшенный.
Цитата: DimOK от 27.09.2020, 09:28Отличные слова Дэвида Бейкера, которые вдохновляют неравнодушных принять или продолжить участие в этом грандиозном проекте:
"Мы можем подождать еще миллион лет, прежде чем нужный нам белок эволюционирует, или спроектировать его самостоятельно".
Отличные слова Дэвида Бейкера, которые вдохновляют неравнодушных принять или продолжить участие в этом грандиозном проекте:
"Мы можем подождать еще миллион лет, прежде чем нужный нам белок эволюционирует, или спроектировать его самостоятельно".
Цитата: Удаленный пользователь от 28.11.2020, 12:58А проект RNAWorld вообще живой, скиньте кто нибудь скрин с его считающимися заданиями...
А проект RNAWorld вообще живой, скиньте кто нибудь скрин с его считающимися заданиями...