Проект Rosetta@Home
Цитата: Удаленный пользователь от 23.01.2021, 10:02А вот кто то уже чип М1 в компьютере Мас мини, от Эппл использует в проекте Rosetta@Home...
А вот кто то уже чип М1 в компьютере Мас мини, от Эппл использует в проекте Rosetta@Home...
Цитата: DimOK от 02.04.2021, 10:45У всем известного проекта Rosetta@home есть малоизвестный младший "брат" – Ralph@home. Он был создан для альфа-тестирования Rosetta@home. В нем тестируются новые версии приложений, рабочие задания (work units) и различные обновления, которые в случае успеха будут применяться в Rosetta@home.
Поскольку этот проект тестовый, вы должны знать, что:
- приложения и задания могут временами работать нестабильно
- очки и другая статистика не имеют никакого значения для данного проекта
- вы можете потерять свои очки в результате нестабильной работы
- здания будут генерироваться непостоянно, а только тогда, когда это будет необходимо для тестирования
- организаторы проекта просят не прерывать задания, участвующие в тестировании.
Взято с сайта https://ralph.bakerlab.org/
У всем известного проекта Rosetta@home есть малоизвестный младший "брат" – Ralph@home. Он был создан для альфа-тестирования Rosetta@home. В нем тестируются новые версии приложений, рабочие задания (work units) и различные обновления, которые в случае успеха будут применяться в Rosetta@home.
Поскольку этот проект тестовый, вы должны знать, что:
- приложения и задания могут временами работать нестабильно
- очки и другая статистика не имеют никакого значения для данного проекта
- вы можете потерять свои очки в результате нестабильной работы
- здания будут генерироваться непостоянно, а только тогда, когда это будет необходимо для тестирования
- организаторы проекта просят не прерывать задания, участвующие в тестировании.
Взято с сайта https://ralph.bakerlab.org/
Цитата: DimOK от 25.04.2021, 12:08Прежде мощность этого проекта точно превышала 400 ТФлопс, а то и больше, а сейчас она почти равна 300 ТФлопс. Куда все подевались?
Прежде мощность этого проекта точно превышала 400 ТФлопс, а то и больше, а сейчас она почти равна 300 ТФлопс. Куда все подевались?
Цитата: DimOK от 14.05.2021, 10:36Цитата: ale4316 от 25.04.2021, 12:16Ковидных проектов нынче много появилось, вот и разбежались...
Дело не в этом. Пользователи жаловались, что увеличили минимальные требования для оперативки до 6675.72 MB. После того, как через одного ассистента проекта жалобы дошли до его руководителей, этот нижний порог отменили.
Цитата: ale4316 от 25.04.2021, 12:16Ковидных проектов нынче много появилось, вот и разбежались...
Дело не в этом. Пользователи жаловались, что увеличили минимальные требования для оперативки до 6675.72 MB. После того, как через одного ассистента проекта жалобы дошли до его руководителей, этот нижний порог отменили.
Цитата: DimOK от 24.07.2021, 11:44Не про Rosetta@Home, но в тему:
Алгоритм AlphaFold2 может с атомной точностью реконструировать трехмерную форму белков за несколько десятков белков
Нейросеть от Deepmind научили определять форму белковых молекул
В прошлом году британские специалисты по глубокому обучению из DeepMind предложили решение 50-летней проблемы биологии – система AlphaFold научилась предсказывать структуру белков, заложив основу нового метода научных исследований. Компания продолжила работать в этом направлении, и теперь готова предоставить свободный доступ к структуре почти всех белков в теле человека, а также к примерно 100 млн. других белков 20 наиболее изученных организмов. Этот прорыв позволит биологам лучше понять болезни и разработать новые лекарства.
DeepMind откроет бесплатный доступ к структуре всех известных науке белков
Не про Rosetta@Home, но в тему:
Алгоритм AlphaFold2 может с атомной точностью реконструировать трехмерную форму белков за несколько десятков белков
Нейросеть от Deepmind научили определять форму белковых молекул
В прошлом году британские специалисты по глубокому обучению из DeepMind предложили решение 50-летней проблемы биологии – система AlphaFold научилась предсказывать структуру белков, заложив основу нового метода научных исследований. Компания продолжила работать в этом направлении, и теперь готова предоставить свободный доступ к структуре почти всех белков в теле человека, а также к примерно 100 млн. других белков 20 наиболее изученных организмов. Этот прорыв позволит биологам лучше понять болезни и разработать новые лекарства.
DeepMind откроет бесплатный доступ к структуре всех известных науке белков
Цитата: DimOK от 15.09.2021, 13:06Опять не про Rosetta@Home, но всё же:
На форуме привели ссылку на статью, в которой описывается разработанный учеными из Массачусетского технологического института математический метод сборки полных геномов и метагеномов, включая микробиальных геномов, на обычном компьютере всего за несколько минут.
“Это необходимо для оценки изменений в микробиоме кишечника, связанных с болезнями и бактериальными инфекциями, такими как сепсис, чтобы мы могли быстрее реагировать на них и спасать жизни людей”.
При сборке геномов, особенно их более крупных фрагментов (reads), биоинформатики пользуются графами де Брюина (de Bruijn graphs). Однако эти исследователи разработали свой собственный метод – minimizer-space de Bruijn graphs – и протестировали его на данных геномной последовательности человека. Результаты убедили их в том, что он способен выполнять сборку геномов с высокой точностью. Им удалось собрать человеческий геном на компьютере с 10 Гб памяти менее чем за 10 минут. По их словам, они могут обрабатывать данные секвенирования с погрешностью до 4%.
Опять не про Rosetta@Home, но всё же:
На форуме привели ссылку на статью, в которой описывается разработанный учеными из Массачусетского технологического института математический метод сборки полных геномов и метагеномов, включая микробиальных геномов, на обычном компьютере всего за несколько минут.
“Это необходимо для оценки изменений в микробиоме кишечника, связанных с болезнями и бактериальными инфекциями, такими как сепсис, чтобы мы могли быстрее реагировать на них и спасать жизни людей”.
При сборке геномов, особенно их более крупных фрагментов (reads), биоинформатики пользуются графами де Брюина (de Bruijn graphs). Однако эти исследователи разработали свой собственный метод – minimizer-space de Bruijn graphs – и протестировали его на данных геномной последовательности человека. Результаты убедили их в том, что он способен выполнять сборку геномов с высокой точностью. Им удалось собрать человеческий геном на компьютере с 10 Гб памяти менее чем за 10 минут. По их словам, они могут обрабатывать данные секвенирования с погрешностью до 4%.
Цитата: Pavel Kirpichenko от 16.09.2021, 12:48Цитата: DimOK от 15.09.2021, 15:19Из этого можно было бы сделать отдельный проект или подпроект Rosetta@Home.
В TNgridPlatform же что-то подобное считается...
Цитата: DimOK от 15.09.2021, 15:19Из этого можно было бы сделать отдельный проект или подпроект Rosetta@Home.
В TNgridPlatform же что-то подобное считается...
Цитата: Удаленный пользователь от 16.09.2021, 14:11Цитата: DimOK от 15.09.2021, 13:06Опять не про Rosetta@Home, но всё же: ?
Им удалось собрать человеческий геном на компьютере с 10 Гб памяти менее чем за 10 минут. По их словам, они могут обрабатывать данные секвенирования с погрешностью до 4%.
Че то мне кажется слишком быстро, даже мгновенно они его собрали...
вот буквально на неделе читал что для сборки полного генома человека нужен полностью загрузить самый мощный американский суперкомпьютер на 2020 год, и собирать он его будет в течении нескольких лет...
Цитата: DimOK от 15.09.2021, 13:06Опять не про Rosetta@Home, но всё же: ?
Им удалось собрать человеческий геном на компьютере с 10 Гб памяти менее чем за 10 минут. По их словам, они могут обрабатывать данные секвенирования с погрешностью до 4%.
Че то мне кажется слишком быстро, даже мгновенно они его собрали...
вот буквально на неделе читал что для сборки полного генома человека нужен полностью загрузить самый мощный американский суперкомпьютер на 2020 год, и собирать он его будет в течении нескольких лет...